Il libro inizia con la domanda pertinente del più piccolo dei pinguini: Chi è Dio? E la risposta deludente dei due più grandi: Dio è grande, è molto, molto potente. Ha inventato un mucchio di regole e sa essere piuttosto antipatico se non le si rispetta. Per il resto è molto gentile. Ha solo un piccolo inconveniente, Dio è invisibile.E il più piccolo risponde deluso: E’ un grande inconveniente, se Dio è invisibile non si può essere certi che esista davvero!!! Da lì inizierà un’avventura che li porterà a scoprire la realtà, la risposta, attraverso dei fatti che vanno analizzati.Tutto parte quando il più piccolo vuole schiacciare una farfalla e i suoi amici lo vogliono convincere di non farlo perché Dio ha detto di non uccidere. Alla fine il pinguino si siede involontariamente sulla farfalla e viene incolpato di essere cattivo e che verrà punito da Dio.Infatti ecco che arriva il diluvio universale,(non per colpa sua) perché Dio si è stancato degli esseri umani che litigano tra loro e sono cattivi e li vuole punire, fa costruire a Noè un’Arca che ospiterà e salverà due specie per ogni essere vivente, tutti gli altri affogheranno ingiustamente. I due pinguini più grandi vengono avvisati del diluvio da una grossa colomba ma, impietositi dal più piccolo che è generoso e non sa nulla lo infilano dentro la valigia.Solo alla fine, quando il diluvio è terminato la colomba si accorgerà che ha dimenticato la seconda colomba ma che ha ricordato i pinguini che, hanno le ali ma non sanno volare, sono ottimi nuotatori.Il pinguino più piccolo e la colomba saranno una coppia, si vorranno bene pur essendo animali diversi, un amore che secondo i serpenti, per Dio non era ammissibile e giusto.

Il messaggio che contiene il libro è che nessuno è perfetto, e chi raccomanda di rispettare delle regole molte volte è il primo a non farlo. Nessuno è capace di riconoscere i propri sbagli e le ingiustizie, soprattutto, che non esiste un giusto o una ragione e non bisogna imporre cose che gli altri non vogliono fare, poiché l’amore è spontaneo.